空氣置換效果較差
在使用中央空調的環境中，大部分都是封閉、半封閉的空間，室內空氣是循環利用的，空氣的清潔度是基于空調本身的過濾和定時輸送新鮮空氣來保持的，相比室外空氣的新鮮度是多云的。
積塵誘使細菌滋生
中央空調是在出風管道的基礎上，將空氣輸送到室內，經過風管道是一個封閉的空間，各種室外空氣懸浮顆粒不能被空氣過濾裝置完全切斷，因此，細塵進入風管道后粘附在風管壁上，再加上大部分風道狹窄，積累時間長，就形成了大量的粉塵。由于粉塵的堆積，容易滋生各種有害微生物，如病毒、細菌、真菌、軍團菌、冠狀病毒等。
寄生物和昆蟲的搖籃
由于風道布置多在樓頂，且風道內的溫濕度四季相對適宜，常成為寄生動物和昆蟲（如老鼠、蟑螂等）的活動空間。據上海報道，上海一棟大樓的中央空調管道被清理出兩噸垃圾，其中包括老鼠和昆蟲尸體。
滋生細菌，傳染疾病
由于風道通過風口、回風口和室內相對封閉的空間，風道內的灰塵（一般肉眼看不見）和細菌會隨著空調風吹到房間的各個角落，逐漸成為室內空氣污染的源頭；同時，一個房間內的病菌也很容易被吹到其他房間與空調循環形成交叉感染。
風阻加大、損耗能源
空氣在風洞中流動時，由于液體的粘性和相對運動，所以在風洞中的內耗、空氣流動過程中，要克服阻力消耗能量。
隨著時間的推移和設備使用壽命的延長，其表面會附著大量的粉塵（懸浮顆粒）。這導致形成的邊界層破壞，不僅破壞了流體在風道中的層流狀態，而且形成了紊流現象，增加了內摩擦力，阻礙了風力，增加了風機的負荷，降低了機組的容量，降低了設備的使用壽命，增加了能耗。
